Проект 2142
Этим проектом мы в более сложном виде обратились к старому проекту 1153. Моделируется человеческий белок, альдозоредуктаза, которая считается причиной большинства последствий хронического диабета, таких как катаракты, отказ почек, деградация периферических нервов, что изучаются Boxer Group в Стенфорде.
В экспериментах исследуются молекулярные вибрации двух ингибиторов (веществ, замедляющих химические реакции) белка, прототипов лекарств, запускающих мутации на участке с активным энзимом. Результатом экспериментов являются данные об электрических полях на участках присоединения ингибитора. Это прекрасная возможность для исследования процесса взаимодействия лекарств, ингибиторов, и оснований в белках, имеющее отношение к медицине, молекулярной биологии и биохимии.
Из-за очень большого размера системы (альдозоредуктаза имеет 316 остатков, кофактор, ингибитор, 80 000 атомов воды) эти симуляции занимают много памяти, поэтому будут ограничены той частью клиентов, которые разрешают использование 200 Мб оперативной памяти и больше (эта величина изменилась до 100 Мб с 22.09.2006).
|