ua     ru    Sitemap   Sitemap     | Поиск... |       Сайт открыт 14.12.2005

Ukraine - Distributed Computing Team

 

 » Навигация 
  Новости
  Новости (Архив)
  Описания проектов
  Наши опросы
  Архивы

  Форум
  Форум (PDA)

 » Статьи  


       Описания проектов 
Начало раздела > Folding@Home > Описания проектов F@H

Проект 2143



Проект 2143


Альдозоредуктаза (с) изображение www.rcsb.org      Для расчета электростатики в молекулярной динамике белков существуют методы RF и PME, которые дают возможность избежать вычислений электростатических сил между каждой парой атомов в системе. Это важно для проекта 2143, родственному проекту 2142, у которого в системе содержится слишком много атомов (более 80000), чтобы рассчитать все спаренные силы. Поэтому необходимо обратиться к приближенным методам, выбрав между RF и PME.

     Однако, на практике выбор между "правильными" методами оборачивается "религиозными войнами", не приводящими ни к чему хорошему. Поэтому для исследования кинетики процесса выбраны оба метода. Со временем Boxer Group из Стенфорда будет иметь экспериментальные данные электрических полей человеческой альдозоредуктазы и мы будем располагать траекториями, которые помогут сравнить адекатность RF и PME.

     Задания для этого проекта разработаны так, чтобы занимать приблизительно одинаковое время с заданиями проекта 2142, так мы сможем сравнить их точность с вычислительной ресурсоемкостью.

     Из-за очень большого размера системы (альдозоредуктаза имеет 316 остатков, кофактор, ингибитор, 80000 атомов воды) эти симуляции занимают много памяти, поэтому будут ограничены той частью клиентов, которые разрешают использование 200 Мб оперативной памяти и больше (эта величина изменилась до 100 Мб с 22.09.2006).

     Перевод - Yura_H, редакция и размещение - Arbalet





Дата: Воскресенье, 21 Январь 2007
Прочитана: 13674 раза

Распечатать Распечатать    Переслать Переслать    В избранное В избранное

Другие публикации
  • Проекты 761-773
  • Проекты 962-997
  • Проекты 1136-1139
  • Проект 1151
  • Проекты 1155-1161
  • Проекты 1162, 1163
  • Проекты 1164-1168
  • Проекты 1800-1849
  • Проекты 1850-1899
  • Проекты 2008-2011
    Вернуться назад

  •  » Место команды 
    Медико-биологические
    Correlizer
    47
    DrugDiscovery@Home
    9
    Fightaids@Home
    40
    Folding@Home
    56
    Gpugrid.net
    50
    Help Cure Muscular Dystrophy
    40
    Help Conquer Cancer
    40
    Help Fight Childhood Cancer
    40
    Human Proteome Folding (Phase 2)
    40
    Lattice Project
    20
    Malariacontrol.net
    47
    NRG@home (Najmanovich Research Group)
    26
    Poem@Home
    32
    Ps3grid.net
    50
    RNA World
    47
    Rosetta@Home
    27
    World Community Grid
    40
    Математика
    Abc@Home
    13
    Collatz Conjecture
    75
    EulerNet
    10
    Gimps (Great Internet Mersenne Prime Search)
    29
    Mersenne@home
    78
    NFS@Home (Number Field Sieve)
    55
    OGR-27
    11
    OPTIMA@HOME
    35
    primaboinca
    44
    Primegrid
    40
    Seventeen Or Bust
    16
    Seventeen Or Bust-Sieve
    17
    WEP-M+2 Project (Wanless)
    40
    Криптография
    DistrRTgen
    68
    Enigma@Home
    52
    RC5-72
    22
    Физика
    Einstein@Home
    49
    IBERCIVIS
    1
    Leiden Classical
    61
    Lhc@Home
    33
    Magnetism@Home
    2
    Muon1-DPAD
    31
    Spinhenge@Home
    39
    Химия
    QMC@Home
    44
    Космос
    Constellation@home
    51
    Cosmology@Home
    44
    Milkyway@Home
    48
    Orbit@Home
    27
    SETI@Home
    90
    Планета земля
    Climate Prediction
    43
    La Red de Atrapa Sismos
    7
    Quake Catcher Network
    64
    Radioactive@Home
    12
    Virtual Prairie (ViP)
    24
    Искуственный интеллект
    FreeHAL@Home
    24
    Neurona@Home
    21
    Интернет
    Majestic-12
    4
    Рендеринг
    Burp
    34
    Luxrenderfarm@home
    0
    ORE (Open Rendering Environment)
    40
    Игровые проекты
    Chess960@Home
    95
    sudoku@vtaiwan
    16
    Кликеры и трекеры
    Marmot Project
    239
    Whatpulse
    83
    Микс
    AlmereGrid
    24
    Pirates@Home
    9
    Sztaki Desktop Grid
    58
    Yoyo@Home
    37