Ukraine - Distributed Computing Team

» Навигация

≡ Новости
≡ Новости (Архив)
≡ Описания проектов

≡ Наши опросы
≡ Архивы

≡ Форум

≡ Форум (PDA)

» Статьи

Описания проектов

◊ Начало раздела > Folding@Home > Описания проектов F@H

Проект 2143

оригинал описания p2143

версія українською

Альдозоредуктаза (с) изображение www.rcsb.org

     Для расчета электростатики в молекулярной динамике белков существуют методы RF и PME, которые дают возможность избежать вычислений электростатических сил между каждой парой атомов в системе. Это важно для проекта 2143, родственному проекту 2142, у которого в системе содержится слишком много атомов (более 80000), чтобы рассчитать все спаренные силы. Поэтому необходимо обратиться к приближенным методам, выбрав между RF и PME.

     Однако, на практике выбор между "правильными" методами оборачивается "религиозными войнами", не приводящими ни к чему хорошему. Поэтому для исследования кинетики процесса выбраны оба метода. Со временем Boxer Group из Стенфорда будет иметь экспериментальные данные электрических полей человеческой альдозоредуктазы и мы будем располагать траекториями, которые помогут сравнить адекатность RF и PME.

     Задания для этого проекта разработаны так, чтобы занимать приблизительно одинаковое время с заданиями проекта 2142, так мы сможем сравнить их точность с вычислительной ресурсоемкостью.

     Из-за очень большого размера системы (альдозоредуктаза имеет 316 остатков, кофактор, ингибитор, 80000 атомов воды) эти симуляции занимают много памяти, поэтому будут ограничены той частью клиентов, которые разрешают использование 200 Мб оперативной памяти и больше (эта величина изменилась до 100 Мб с 22.09.2006).

Перевод - Yura_H, редакция и размещение - Arbalet

Дата: Воскресенье, 21 Январь 2007

Прочитана: 11122 раза

Распечатать

Переслать

В избранное

Другие публикации

Проекты 2008-2011
Вернуться назад

» Поддержка (обращайтесь)

Folding@Home
	NikeLong	246659609
	Alex	266184514
	ReMMeR	338177212
Rosetta@Home
	uNiUs	172324149
	KoDak	313871706
World Community Grid
	Dmitrio	250896826
FightAIDS@Home
	RHAngel	50177406
RC5/OGR
	Tamagoch	53619819
	Paul B.Atton	46941577
Seti@Home
	Andrey Fenchenko	285577622
WebMaster
	ReMMeR	338177212
	Rilian (PM)	1
Поболтать
	Dead J. Dona	122008482