
 |
» Навигация |
|
|
 |
» Статьи |
|
|
|
 |

 |
Описания проектов |
◊
Начало раздела
>
Folding@Home
>
Описания проектов F@H
|
|
|
|
Проект 2143
Для расчета электростатики в молекулярной динамике белков существуют методы RF и PME, которые дают возможность избежать вычислений электростатических сил между каждой парой атомов в системе. Это важно для проекта 2143, родственному проекту 2142, у которого в системе содержится слишком много атомов (более 80000), чтобы рассчитать все спаренные силы. Поэтому необходимо обратиться к приближенным методам, выбрав между RF и PME.
Однако, на практике выбор между "правильными" методами оборачивается "религиозными войнами", не приводящими ни к чему хорошему. Поэтому для исследования кинетики процесса выбраны оба метода. Со временем Boxer Group из Стенфорда будет иметь экспериментальные данные электрических полей человеческой альдозоредуктазы и мы будем располагать траекториями, которые помогут сравнить адекатность RF и PME.
Задания для этого проекта разработаны так, чтобы занимать приблизительно одинаковое время с заданиями проекта 2142, так мы сможем сравнить их точность с вычислительной ресурсоемкостью.
Из-за очень большого размера системы (альдозоредуктаза имеет 316 остатков, кофактор, ингибитор, 80000 атомов воды) эти симуляции занимают много памяти, поэтому будут ограничены той частью клиентов, которые разрешают использование 200 Мб оперативной памяти и больше (эта величина изменилась до 100 Мб с 22.09.2006).
|
|
|
|
Дата: Воскресенье, 21 Январь 2007 |
Прочитана: 10625 раз |
|
Другие публикации
Проекты 761-773
Проекты 962-997
Проекты 1136-1139
Проект 1151
Проекты 1155-1161
Проекты 1162, 1163
Проекты 1164-1168
Проекты 1800-1849
Проекты 1850-1899
Проекты 2008-2011
Вернуться назад
 |

 |
» Поддержка (обращайтесь) |
|
Folding@Home |
 | NikeLong | 246659609 |
 | Alex | 266184514 |
 | ReMMeR | 338177212 |
Rosetta@Home |
 | uNiUs | 172324149 |
 | KoDak | 313871706 |
World Community Grid |
 | Dmitrio | 250896826 |
FightAIDS@Home |
 | RHAngel | 50177406 |
RC5/OGR |
 | Tamagoch | 53619819 |
 | Paul B.Atton | 46941577 |
Seti@Home |
 | Andrey Fenchenko | 285577622 |
WebMaster |
 | ReMMeR | 338177212 |
 | Rilian (PM) | 1 |
Поболтать |
 | Dead J. Dona | 122008482 |
| |
|
|