ua     ru    Sitemap   Sitemap     | Поиск... |       Сайт открыт 14.12.2005

Ukraine - Distributed Computing Team

 

 » Навигация 
  Новости
  Новости (Архив)
  Описания проектов
  Наши опросы
  Архивы

  Форум
  Форум (PDA)

 » Статьи  


       Описания проектов 
Начало раздела > Folding@Home > Описания проектов F@H

Проект 2143



Проект 2143


Альдозоредуктаза (с) изображение www.rcsb.org      Для расчета электростатики в молекулярной динамике белков существуют методы RF и PME, которые дают возможность избежать вычислений электростатических сил между каждой парой атомов в системе. Это важно для проекта 2143, родственному проекту 2142, у которого в системе содержится слишком много атомов (более 80000), чтобы рассчитать все спаренные силы. Поэтому необходимо обратиться к приближенным методам, выбрав между RF и PME.

     Однако, на практике выбор между "правильными" методами оборачивается "религиозными войнами", не приводящими ни к чему хорошему. Поэтому для исследования кинетики процесса выбраны оба метода. Со временем Boxer Group из Стенфорда будет иметь экспериментальные данные электрических полей человеческой альдозоредуктазы и мы будем располагать траекториями, которые помогут сравнить адекатность RF и PME.

     Задания для этого проекта разработаны так, чтобы занимать приблизительно одинаковое время с заданиями проекта 2142, так мы сможем сравнить их точность с вычислительной ресурсоемкостью.

     Из-за очень большого размера системы (альдозоредуктаза имеет 316 остатков, кофактор, ингибитор, 80000 атомов воды) эти симуляции занимают много памяти, поэтому будут ограничены той частью клиентов, которые разрешают использование 200 Мб оперативной памяти и больше (эта величина изменилась до 100 Мб с 22.09.2006).

     Перевод - Yura_H, редакция и размещение - Arbalet





Дата: Воскресенье, 21 Январь 2007
Прочитана: 8493 раза

Распечатать Распечатать    Переслать Переслать    В избранное В избранное

Другие публикации
  • Проекты 761-773
  • Проекты 962-997
  • Проекты 1136-1139
  • Проект 1151
  • Проекты 1155-1161
  • Проекты 1162, 1163
  • Проекты 1164-1168
  • Проекты 1800-1849
  • Проекты 1850-1899
  • Проекты 2008-2011
    Вернуться назад

  •  » Поддержка (обращайтесь) 
    Folding@Home
     NikeLong246659609
     Alex266184514
     ReMMeR338177212
    Rosetta@Home
     uNiUs172324149
     KoDak313871706
    World Community Grid
     Dmitrio250896826
    FightAIDS@Home
     RHAngel50177406
    RC5/OGR
     Tamagoch53619819
     Paul B.Atton46941577
    Seti@Home
     Andrey Fenchenko285577622
    WebMaster
     ReMMeR338177212
     Rilian (PM)1
    Поболтать
     Dead J. Dona122008482